J'avais un problème similaire avec ma manette Logitech Dual Action. J'aurais pu appuyer sur la touche F5 jusqu'à la fin du monde, rien ne se produisait.
Puis, j'ai transféré à la version 1.7 de ePSXe... et tout baigne depuis. F5 fonctionne à merveille, et parfois même la détection est automatique.