C'est normal, Lilo devient ton chargeur par défaut. Si tu le scratches (vu qu'il est sur ta partoche Linux), ton ordi ne saura plus comment démarrer
En fait faut activer la console de récupération Windows (pque bien sûr, par défaut elle est pas activée ).
http://support.microsoft.com/?kbid=307654
Tu trouveras ensuite utile de t'intéresser à la fonction fixmbr (documenté sur la même page) à éxécuter. Ca aura pour effet de remettre en place le chargeur Windows par défaut. Tu pourras gicler tes partoches Linux après coup.